Os microorganismos uropatogênicos colonizam o intestino grosso e a região perianal.
Nas mulheres, pode haver colonização do vestíbulo vaginal e do intróito uretral e, posteriormente, ocorre ascenção para a bexiga e/ou rins. Em condições normais, há competição entre esses uropatógenos e a flora vaginal, constituída predominantemente por lactobacilos. A colonização da vagina é facilitada, rincipalmente, pelo uso de antibióticos e pela má higiene perineal. A migração para a uretra e bexiga é desencadeada, principalmente, pela atividade sexual, pelo uso de contraceptivos com espermicida, e pela alteração do pH vaginal, que pode ocorrer com a alteração da flora pelo uso de antibióticos e pelo hipoestrogenismo que, habitualmente, ocorre na menopausa.
